Über Juist werden viele Sagen erzählt. Eine von ihnen berichtet, dass auf der Sonnensandinsel einst Riesinnen gewohnt haben sollen. Aus dem feinen Sand, den sie während eines Spaziergangs in ihren Schürzen ans Festland trugen, soll der Plytenberg bei Leer entstanden sein.
Die Chronik des Henricus Ubbius (1530) berichtet, dass zur damaligen Zeit auf Juist wilde Pferde lebten. Wie sich diese und viele weitere Sagen und Berichte zusammenreimen lassen, ist rätselhaft und hat dazu geführt, dass Juist schon vor 400 Jahren als "Töwerland" (Zauberland) bezeichnet wurde.
Wie Borkum, Memmert und Norderney entstand Juist, als Sturmfluten im Mittelalter die Großinsel Bant auseinanderrissen, 1398 wird Juist als selbstständige Insel erstmals erwähnt.
1681 zerstörte die Petriflut Dünen im Westen der Insel auf einer Breite von bis zu zwei Kilometern. Dabei entstand der Hammer, ein Einschnitt, den folgende Sturmfluten so sehr vergrößerten, dass Juist in zwei Inseln zerschlagen zu werden drohte.
Das Kirchdorf musste immer weiter nach Osten verlegt werden, 1877 brach die Flut beim Hammersee durch. Um die endgültige Teilung der Insel und den Untergang des Dorfs zu verhindern, wurde ein Sanddamm errichtet, der 1885 fertiggestellt wurde. Aus diesem Damm hat sich im Lauf der Jahrzehnte eine eigene, niedrige Dünenkette gebildet.